Ruínas da Igreja de São Miguel das Missões

No século XVI e princípios do século XVII, os padres jesuítas espanhóis fundaram aldeias, denominadas de missões, orientadas pela religião católica, onde os índios viviam de acordo com os princípios da cultura ocidental na região oeste do território, hoje pertencente ao Brasil, Uruguai, Paraguai e à Argentina. Foram criados sete povoados, que ficaram conhecidos como os ―sete povos das missões‖. A etnia desses povos era variada, nela predominando os traços dos índios guaranis. Os ―Sete Povos‖ eram formados pelas aldeias de São Francisco Borja (1682), São Nicolau (1687), São Luiz Gonzaga (1687), São Miguel Arcanjo (1687), São Lourenço Mártir (1690), São João Batista (l697) e Santo Ângelo Custódio (1707), nas terras do Rio Grande do Sul.
Os jesuítas viram-se numa situação delicada: se apoiassem os indígenas seriam considerados rebeldes; se não os apoiassem perderiam a confiança deles. Uns permaneceram ao lado da coroa, mas outros, como o Padre Lourenço Balda, da Missão de São Miguel, apoiaram os nativos, organizando a resistência desses índios à ocupação de suas terras e à escravização.
Os indígenas missioneiros opuseram-se à decisão do Tratado de Madri por não se considerarem bens permutáveis à disposição dos caprichos de monarcas europeus e por acreditarem que as terras lhes haviam sido reservadas por Deus, por intermédio de São Miguel Arcanjo. Contrários às idéias da comissão deram início à luta por ação armada. Em janeiro de 1756, 1700 espanhóis e 1600 portugueses, rebocando 10 canhões, invadiram as Missões. Na Batalha de Caiboaté, momento culminante dessa guerra, centenas de missioneiros foram massacrados, poucas baixas se registrando nos exércitos invasores. Foi-lhes fácil derrotar a desorganizada armada guarani, mobilizados em torno de seu herói o índio Sepé. Sepé - Tiaraju foi um índio guarani de São Miguel das missões, que organizou guerrilhas para impedir o avanço dos exércitos português e espanhol na denominada Guerra Guaranítica, nos anos 1754-1756.